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Aber auch Pilze sind an der Zersetzung beteiligt. Aerobe Bakterien machen auch noch mit.

Der Abbau der Pflanzenteile geschieht in mehreren Stufen. Am Anfang steht die Zersetzung durch Mikroorganismen, hauptsächlich Bakterien. Sie zerlegen die komplexen Bausteine der Pflanzenteile in einfache chemische Substanzen. Während dieses Vorgangs wird Wärme frei. Ein größerer Komposthaufen kann sich dabei in seinem Inneren bis auf 70 Grad Celsius erwärmen. Bei dieser hohen Temperatur werden viele Erreger von Pflanzenkrankheiten abgetötet und auch die Samen der meisten im Garten unerwünschten Wildkräuter verlieren ihre Keimfähigkeit. Diese warme Phase, Heißrotte genannt, dauert abhängig von der Zusammensetzung des Komposts, ungefähr drei bis fünf Wochen.
Im Anschluss daran kühlt der Kompost ab und eine Zeit des Umbaus beginnt, in der hauptsächlich Pilze tätig werden. Sie zerlegen schwer abbaubare Stoffe wie Zellulose oder Lignin aus den Zellwänden, wodurch die festen Pflanzenbestandteile zerstört werden, sodass der Komposthaufen deutlich niedriger wird. Vorhandene Eiweißstoffe werden in dieser Phase zu Nitraten umgebaut.
In der letzten Phase kommen neben vielen anderen Kleintieren Asseln, Springschwänze und Tausendfüßler zum Zug und verarbeiten und durchmischen die Abbauprodukte des Rotteprozesses weiter.
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